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      行業新聞
      • 1區,if=38 單細胞測序聯合空間轉錄組揭示間質性膀胱炎的免疫圖譜

        間質性膀胱炎(IC)是指膀胱疼痛綜合征,以強烈的盆腔疼痛和尿路癥狀為特征,是一種嚴重的慢性疾病。為了研究免疫在IC膀胱中的作用,四川大學華西醫院的研究者們使用單細胞RNA測序(scRNA-seq)對15名女性IC患者和9名應激性尿失禁對照組的135,091個CD45+免疫細胞進行了測序。并整合scRNA-seq與空間轉錄組學的結果,于2022年5月20日在Signal Transduct Target Ther發表文章“Integrating single-cell RNA sequencing with spatial transcriptomics reveals immune lands

      • GEO 數據上傳指南

        在完成了高通量測序分析以后,為了將用戶的實驗數據與全世界其它研究者共享,在用戶的研究轉化為論文發表之前,用戶需要先向 GEO 數據庫上傳用戶的原始數據。GEO 數據庫,全稱 Gene Expression Omnibus,中文直譯意為“基因表達集錦”,為美國國家生物信息中心(NCBI)管理的基因表達譜和 RNA 修飾譜的數據庫。

      • 連發Cell, Nature ! 空間轉錄組學技術高分文章集錦

        空間轉錄組學(Spatial Transcriptomics)是在二維平面上定位 mRNA-seq 數據的技術。常規的轉錄組測序可以揭示 mRNA 的表達信息,但無法獲得準確定位;常規的染色顯影技術以揭示特定組織區域的分子特征,但不包含準確、完整的 mRNA 表達譜信息。為了彌補這個技術缺憾,在一次實驗中同時獲取 RNA 的表達信息和 RNA 的空間位置,空間轉錄組學的方法便應運而生。2016年,空間轉錄組技術在?Science雜志上首度登場,在不久后的 2020 年就被?Nature Methods 雜志選為當年的年度方法(Methods of the Year),更在2022年短短五個月,

      • Nature 新發現:線粒體 m5C 修飾竟是腫瘤轉移的元兇!

        最近,德國癌癥研究中心等機構的研究者在 Nature 雜志上發文揭示了線粒體 tRNA 中特定位點上的 m5C 和 f5C 修飾對線粒體能量代謝的調控作用,進而促進腫瘤的轉移。該發現為癌癥治療提供了一條基于抑制線粒體 m5C 修飾的新思路。

      • 技術干貨:SRA 數據上傳指南

        SRA 數據庫全稱“Sequence Read Archive”,是 NCBI 旗下的一個高通量測序數據庫。其儲存的數據類型,既包括原始測序數據(raw sequencing data),也包括序列比對信息(alignment information)。許多雜志的論文發表,都要求作者將高通量測序數據在 SRA 公開發布。下面就為大家介紹一下 SRA 數據上傳的基本方法:

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